Veränderungen und Erkrankungen der äusseren Genitalorgane beim Mann stellen einen besonderen Schwerpunkt in der Urologie dar.

Hierunter zählen beim Penis die Vorhautverengung (Phimose), Erkrankungen der Eichel, Penisverkrümmung, Harn­röhren­erkrankungen und Infektions-und Geschlechts­erkrankungen wie z.B. Gonorrhoe, Syphilis, HIV und HPV Infektionen (Feigwarzen). Auch der Verlust der Gliedsteife (Impotenz) findet hier Beachtung.

Oft wird der Urologe aufgrund von Beschwerden am Hoden aufgesucht. Typische Erkrankungen sind der Wasserbruch (Hydrozele), entzündliche Erkrankungen des Nebenhodens und Hodentumore.